R. Sean Norman,博士-分子微生物生态学实验室主任
研究计算一直与肖恩·诺曼博士密切合作,优化Blast+应用程序的大量基因组数据运行。除了在大学HPC资源上实现性能提升外,Research Computing还通过我们的XSEDE合作伙伴关系,帮助创建了在NSF计算资源上大规模运行的定制代码。
研究计算支持包括联合科学和工程研究合作,南卡罗来纳州的高性能计算资源,对集群和大规模计算的中间件支持,教学教程,以及通过NSF校园冠军计划访问XSEDE国家超级计算机站点。研究计算用户包括南卡罗来纳大学系统和邻近机构的研究人员。bob官方体育登陆本节主要介绍南加州大学研究人员进行的项目。
研究计算一直与肖恩·诺曼博士密切合作,优化Blast+应用程序的大量基因组数据运行。除了在大学HPC资源上实现性能提升外,Research Computing还通过我们的XSEDE合作伙伴关系,帮助创建了在NSF计算资源上大规模运行的定制代码。
我使用集群来处理许多大尺寸的MRI卷,每个卷需要几个小时的处理。Bolden集群和120个专用核心的可用性使这种处理更加有效。在过去的两年里,我发表了10篇论文,都是基于在这个集群上所做的工作。完成的工作和集群的可用性直接导致我在最近的NIH拨款中获得了1%的审查分数。我还在NIH的另一项拨款中获得了7个百分点的分数,其中对集群新数据的分析占拨款工作的25%。对于这两项赠款,该小组是研究战略和机构支助的一个组成部分。
为了使复杂系统的模拟能够准确地反映实验观测,在势能曲面建模和统计力学采样方面的持续进展是必要的。在研究与催化相关的系统时,我们开发了新的理论和计算工具来研究这些复杂的化学系统。我们的工具开发工作介于工程、化学和物理之间,根植于经典、统计和量子力学,特别关注新颖的多尺度方法。
失语症康复研究中心使用脑成像来指导大脑刺激,理解人类语言,并帮助制定中风后恢复的准确预后。CPU集群和GPU优化应用程序的组合极大地加速了我们的处理管道。与Research Computing合作,我们利用集群实现了最佳性能。我的开源MRIcroGL和Surf Ice软件允许您在任何计算机上查看我们的结果。更多关于失语症康复研究中心、MRicroGL和Surf Ice的信息可以在神经心理学实验室的网站上找到。